1596年　9月

マニラ発太平洋を東航中のガレオン船サン・フェリペ号が途中暴風雨により船体を破損し、その修理のため土佐、浦戸に向い、港内に入る際に座礁した。船長が上洛してフランシスコ会士を介して交渉中に、同船の舵手が当局を威嚇するために世界地図を見せてスペイン王の勢威に言及し、新しく土地を征服するには始め宣教師を送って人々を改宗させ後に軍を送りこむなどと日本も征服するが如き暴言を吐いた。これを知って秀吉が激怒し、サン・フェリペ号の臨検により発見した銃砲、火薬、財宝等の船荷を没収

し、また乗客、乗組員のマニラ帰還を命じた。

更に12月には先の1587年(天正15年)に下した外国人宣教師の国外追放令にも拘わらず京都ほかに潜伏していたとして宣教師、日本人キリシタン等24人(後日2名が志願して加わる)を捕らえて死刑を言渡した。

たまたまフィリッピンでの三年にわたる布教活動を終えサン・フェリペ号に乗船して帰国途次にあったメキシコ生まれの宣教師フェリペ・デ・ヘススもこの際に捕らえられた。